遺伝子合成 ケーススタディ
Case Study 1—13.7 kb 遺伝子合成および変異導入
13.7 kb の遺伝子配列を合成・アセンブルし、顧客指定のベクター部位にクローニングしました。配列はシーケンス解析により100％正確であることが確認され、GenCefeにより高品質なプラスミドが無事に納品されました。
プロジェクトの難点
配列長が13.7 kbに達し、アセンブリ中に欠失が発生しやすい
ベクターは顧客提供であり、ターゲット遺伝子を挿入する適切な制限酵素サイトがない
コピーナンバーの低いベクターであり、調製が困難
GenCefeのソリューション
経験豊富な技術専門家によって設計された提案で、当社独自のアセンブリ技術を用いて全長配列の正確性を確保
ベクター改変を実施し、ターゲット配列を改変済みベクターの指定位置に無事クローニング
独自開発のコンピテントセルおよび培地を使用し、プラスミドコピー数を増加
Case Study 2—合成困難な遺伝子配列（PolyAリッチ）
110塩基連続のPolyAを含む遺伝子配列が無事に合成され、シーケンス解析により確認されました。配列は100％正確であることが保証されたプラスミドが顧客に納品されました。
プロジェクトの難点
配列には大きな反復構造が含まれており、最大110塩基の連続PolyA構造も存在します。このような連続する単塩基反復は、プラスミドの不安定化やシーケンス異常の原因となる可能性があります。
GenCefeのソリューション
この配列に特化した合成計画を設計
変異を減らすために構築およびクローニングプロトコルを最適化
正確な検証を保証するためにシーケンスプロトコルを最適化
Case Study 3—合成困難な遺伝子配列（GCリッチ）
高GC含量、直接反復配列、およびポリマーストラクチャーを含む遺伝子配列の合成と検証に成功しました。配列は100％正確であることが保証されたプラスミドが顧客に納品されました。
プロジェクトの難点
GCリッチ領域は全長の35％以上を占め、配列のGC含量は大きく変動しています。このような構造は、非特異的な増幅を引き起こし、ターゲット遺伝子の増幅失敗の原因となることがあります。
さらに、直接反復配列とポリマーストラクチャーは全配列の30％以上を占めます。反復配列はアセンブリを困難にし、ポリマーストラクチャーはシーケンス解析を困難にします。
GenCefeのソリューション
この配列に特化した合成計画を設計し、遺伝子配列を複数のセグメントに分けて合成
独自のアセンブリ技術を用いて全長配列の正確性を確保
変異を減らすために構築およびクローニングプロトコルを最適
正確な検証を保証するためにシーケンスプロトコルを最適化
GenCefe 遺伝子合成サービス
